Дохристианское название праздника неизвестно. Название Иван Купала имеет христианское происхождение и является народно-славянским вариантом имени Иоанн Креститель (греч. Ιωάννης ο Βαπτιστής), поскольку эпитет Иоанна — греч. βαπτιστής — переводится как «купатель, погружатель». Такое название праздника было обусловлено и собственно славянскими представлениями: праслав. kǫpati обозначало ритуальное омовение, очищение, которое осуществлялось в открытых водоёмах. Поэтому, с одной стороны, именно этот глагол был применён для перевода эпитета «креститель», а с другой стороны, название праздника позже было переосмыслено народной этимологией и увязано с ритуальными купаниями в реках во время этого праздника.

Некоторые научно-популярные и неоязыческие издания связывают праздник с «языческим божеством» Купала. Данная точка зрения не разделяется учёными, поскольку крайне сомнительно былое существование в славянском язычестве самого этого божества. Впервые божество «Купала» упоминается в Густинской летописи (XVII век), и является плодом недоразумения: летописец, зная о «бесовских игрищах» на Ивана Купалу, принял название праздника за имя языческого бога. Впоследствии это недоразумение было повторено переписчиками, а затем и ранними исследователями славянской мифологии, в результате чего в славянском пантеоне появилось новое «божество»